如何设计引物
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发布时间:2022-04-19 17:42
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热心网友
时间:2022-04-16 16:29
一般是通过设计软件,例如oligo6,primer5等,你可以在网上搜一下引物设计软件下载和使用说明,是比较容易的。
至于设计引物的一般原则如下:
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序列选取应在基因的保守区段
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避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免引物自身形成环状发卡结构
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典型的引物18到24个核苷长。引物需要足够长,保证序列独特性,并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。但是长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性。较长的序列可能会与错误配对序列杂交,降低了特异性,而且比短序列杂交慢,从而降低了产量。
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Tm值在55-65℃(因为60℃核酸外切酶活性最高),GC含量在40%-60%
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引物之间的TM相差避免超过2℃
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引物的3’端避免使用碱基A,引物的3’端避免出现3个或3个以上连续相同的碱基
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为避免的扩增,引物设计最好能跨两个外显子。
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Taqman探针PCR要求片段长度在80bp-150bp
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引物末端(最后5个核苷酸)不能有超过2个的G和C。