已经预测好了mirna靶基因，怎么用cytoscape构建网络

发布网友 发布时间：2022-04-20 04:40

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热心网友 时间：2023-08-31 22:27

说起互作网络图，大家都不陌生。看文献的时候，经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图：

CircRNA-miRNA network maps the interaction relationship between circRNAs and miRNAs [1]

miRNA-ceRNA network. Upregulated circRNAs/miRNAs ceRNA network. [2]

网络图把他们之间的联系进行可视化的展现，为文章增加了几分高大上。这些漂亮而又明了的网络图都是由cytoscape这个神奇的软件绘制而成。大家不要以为网络图看着这么复杂，软件使用也会很复杂，下面就给大家简单介绍一下，如何使用cytoscape把分析数据变成网络图。

步骤如下：

第一，安装****cytoscape****软件。软件安装比较简单，这里就不展开赘述了。

第二，把要画图的数据进行整理。假设，我在吉赛生物做了circRNA测序，筛选到了一些表达差异的circRNA分子，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA，挑选出来做网络图。

我们会拿到2个表格，circRNA-miRNA线属性（netedges）和点(nodes)属性的表：

netedges表格示例图

nodes表格示例图

第三，先把靶向关系****netedges****表格导入****cytoscape****：

再把设为miRNA源（sourse）节点，circRNA设为靶(target)节点：

然后点击OK，导入数据，生成初步的网络图：

接下来，大家就可以对它进行美化了。一般是通过设置点的不同颜色和形状、大小等来标注circRNA的表达情况，和与哪些miRNA结合。

第四，先把****nodes****表格作为****Table****导入，把各个点的属性导入：

然后，在Style选项卡设置想要的风格，如把表达上调的circRNA标为红色，表达下调的标为绿色，miRNA是预测的，用蓝色标识；则在Fill Color按照attribute进行调整。或者是可以点选某个点进行调整。

经过一番上色、整形，网络图就变成了这样：

这样的图看起来也还可以，但是如果想要把图形风格进行调整，弄得跟开篇的图一样的，可以通过Layout选项卡进行改变。

最后得到一个漂亮的circRNA-miRNA网络图：

上面就给大家简单介绍了Cytoscape的部分基础功能，主要通过Edges连接Nodes构成Network，通过导入Table对Network中的Nodes进行注释，从而得到我们想要的效果。当然miRNA-mRNA网络图，蛋白-蛋白相互作用网络图（PPI），也可以通过该软件进行可视化处理。如果想研究比较热门的circRNA-miRNA-mRNA 竞争性网络的，也可以把预测到的靶向关系画成网络图。再根据ceRNA竞争性网络的原理，miRNA与靶向ceRNA间表达量负相关，以及ceRNA对之间表达量的正相关的关系；结合实验测到的结果，删去不符合ceRNA竞争性网络的原理的关系，完善circRNA-miRNA-mRNA网络。

另外，Cytoscape软件还有一些小插件，可以构建更庞大更明确的网络图，这个软件远远不止本文中介绍的功能。学海无涯，生信无边，期待与您一起探索。

参考文献:

[1] Xingjie Bao , Shuying Zheng , Shuqi Mao , Tianlun Gu , Shike Liu , Jihan Sun , Lina Zhang.A potential risk factor of essential hypertension in case-control study_ Circular RNA hsa_circ_0037911. Biochemical and Biophysical Research Communications, March 2018; DOI：10.1016/j.bbrc.2018.03.059.

[2] CHUN FENG, YUXIAO LI, YAN LIN, XIANBAO CAO, DONGDONG LI, HONGLEI ZHANG and XIAOGUANG HE. CircRNA-associated ceRNA network reveals ErbB and Hippo signaling pathways in hypopharyngeal cancer. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOlecular medicine 43: 127-142, 2019; DOI: 10.3892/ijmm.2018.3942.