cytoscape怎么使用使用

发布网友发布时间：2022-04-20 04:40

共2个回答

热心网友时间：2023-08-27 14:18

把数据转成这些文件，然后就可以在cytoscape里打开了。
最简单的是.sif格式，格式是：
nodeA <interaction> nodeB
nodeC <interaction> nodeD
就是说文件分三列，第一列和第三列是相互作用的基因名，第二列是相互作用的名称。.sif格式的好处是简单，容易处理。不过它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。
另一种是xgmml格式，它是一种xml格式，可以规定节点和边的许多信息，但也更复杂。让cytoscape导出成xgmml，写了几个python小函数来专门写这种格式。代码附在最后。
然后要画网络的时候写小脚本就行了：（假设这几个小函数的文件名叫xgmml.py）
from xgmml import *fid=open('test.xml','w')addHead(fid,'hehe')addNode(fid,'A','A')addNode(fid,'B','B')addEdge(fid,'A','B','A to B')fid.write('</graph>\n')fid.close()

热心网友时间：2023-08-27 14:18

刚过去的2018年，黄海波试图复出。

曾经，他的名字与《媳妇的美好时代》《永不磨灭的番号》《咱们结婚吧》等影视剧连接在一起，风光无限。曾经，他很红。

但他现在对红星追问你是在逗我嘛

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